Niektoré vozidlá poslednej série prišli o možnosť vyhradiť priestor predných dverí iba pre vodiča demontovaním časti veľkej kabínky, ktorá sa však v premávke používala len výnimočne.
Od roku 1999 do roku 2001 sa postupne zmodernizovalo 15 autobusov v českej spoločnosti Zliner. Vozidlám bol opravený interiér, dostali informačný systém BUSE, novú podlahu a poťahy sedadiel. Motor bol upravený na emisnú normu Euro 0. Nové oplechovanie nieslo kvalitnejší akrylátový lak v pôvodnej farebnej schéme. V roku 2009 boli jednoriadkové displeje z interiéru demontované za účelom ich montáže v nových autobusoch Citelis 12M a nahradené segmentovými displejmi s časom a pásmom.
Generálnou opravou bez prestavby na pohon zemným plynom v Zlineri prešli tieto vozidlá:
- 1999: 1210
- 2000: 2207, 4200, 2209, 4202, 4210, 1301, 2301, 2313, 1306, 1307
- 2001: 1213, 2315, 4304, 4305
Vozidlám #1301, 1306, 1307, 2301, 2313, 2315, 4304 a 4305 bol pri GO zároveň vymenený pôvodný motor MAN za motor Liaz, avšak táto prestavba spôsobila problém pri výmene starých ŠPZ za nové, preto sa týmto vozidlám neskôr vymenili "papiere" s odstavenými negenerálkovanými vozmi prvej série s motormi Liaz (#1207, 2215/II, 1220, 2205, 2213, 2204 (najskôr 2206), 4207, 4204). Tieto vozy prvej série následne prešli prestavbou na pohon zemným plynom (#2602 - 2609), pri ktorej dostali nový plynový motor a nové ŠPZ dostali až po tejto prestavbe.
Jednotlivé série modernizácií sa od seba mierne odlišujú. Elektronické terčíkové transparenty firmy BUSE so žiarivkovým osvetlením boli od vozu #1301 nahradené DOT-LED transparentami tej istej značky a namiesto malého vnútorného digitálneho transparentu iba s číslicami sa začal montovať písmenový transparent menšieho typu. Hliníkové lišty okolo kolies boli od vozu #1306 vymenené za plastové, protišmyková podlaha sa zamenila za lacnejšiu gumovú. Pri jednotlivých vozidlách sa menil aj vzor umakartového obloženia.
V rokoch 2001 - 2008 sa v Zlineri modernizovali autobusy, ktoré boli určené na pohon zemným plynom. Opäť sa do autobusov montovala aj protišmyková podlaha, inak sa rozsah rekonštrukcií nezmenil. Niektoré modernizované autobusy mali v interiéri dva displeje - starý malého typu iba s číselnými poliami a aj nový písmenový. Plynofikáciu autobusov zabezpečil podnik SPP, od roku 2005 sa prestavby na pohon CNG vykonávali priamo v Zlineri s komponentami od SPP. Prvých 20 plynofikovaných autobusov dostalo zelenobiely náter s nálepkou draka a nálepkou "Jazdím na zemný plyn". Koncom roku 2003 sa reklama SPP inovovala a novoplynofikované autobusy už preto dostávali žlto-zeleno-biely náter s touto reklamou. Postupne sa táto reklama preniesla aj na staršie plynofikované vozidlá. Poslednou prestavanou kĺbovou Karosou s reklamou CNG bolo vozidlo #2645. Séria z roku 2008 obdržala po rekonštrukcii celočervený náter a nálepky Mesta Bratislavy. V závere plynofikácií prešli prestavbou na CNG pohon aj dve vozidlá, ktoré už raz GO v Zlineri absolvovali.
Modernizáciou a prestavbou na typ Karosa B 741 CNG prešli vozidlá:
- 2001: 2601 (prototypová prestavba)
- 2002: 2602 - 2616
- 2003: 2617 - 2630
- 2004: 1601 - 1615
- 2005: 1616 - 1628
- 2006: 1629 - 1630, 2631 - 2645
- 2008: 1631 - 1639, 2646 - 2653
V rokoch 2009 - 2010 bol po vážnej nehode s lokomotívou v Zlineri opätovne zrekonštruovaný autobus #2636, pričom pri oprave sa využila časť pôvodne olomouckej Karosy B 741 #304.
V lete 2017 prešlo viacero plynofikovaných vozidiel menšou opravou laku a interiéru.