Prvé dva elektrobusy SOR NS 12 boli dodané na začiatku januára 2018 a zaradené boli do vozovne Krasňany. Do prevádzky s cestujúcimi boli uvedené 26. januára 2018. Jeden z nich bol nasadený na vajnorskú linku 53, druhý striedal rôzne linky. Od polovice júna 2018 sa obe vozidlá striedali na linkách 52, 53 a 56 vypravovaných z vozovne Krasňany.
Ďalšie vozidlá začali do Bratislavy prichádzať postupne od 12. júla do 13. novembra 2018 a do premávky sa zaraďovali postupne od 30. júla 2018. V októbri 2018 sa elektrobusy SOR NS 12 začali nasadzovať aj na vybrané spoje liniek 43, 65, 80, 94 a v novembri aj na jeden spoj linky 66 (do decembra 2019).
Elektrobus #3010 mal krátko po zaradení do premávky dopravnú nehodu, po ktorej zostal na dlhú dobu nepojazdný.
Od decembra 2018 boli elektrobusy nasadené počas špičiek aj na linku 37 do Záhorskej Bystrice. Koncom apríla 2019 sa dve z troch vozidiel z linky 65 presunuli na linku 29, kde boli taktiež nasadzované počas špičiek pracovných dní. Na linku 94 sa elektrobusy nasadzovali do konca okóbra 2019. Od mája 2020 sú elektrobusy nasadzované celotýždenne aj na niektoré poradia linky 20, pričom sa súčasne prestali vypravovať na linku 52.
Od 1. júla 2020 boli elektrobusy SOR NS 12 nasadzované na predĺženú linku 41 (Búdková - Hlavná stanica) v súvislosti so zrušením trolejbusovej linky 64 (Jelačičova - Lovinského). Počas prestávok bolo nabíjanie elektrobusov zabezpečené v trolejbusovej vozovni Hroboňova, kde bola vybudovaná nabíjacia stanica. Pre menšiu výdrž batérií z dôvodu kopcovitého terénu a častých zdržaní na trase však boli od 16. novembra 2020 na tejto linke nahradené opäť klasickými naftovými autobusmi. Počas nasadenia kĺbových autobusov na linku 37 cez letné prázdniny 2021 boli elektrobusy presunuté z tejto linky v pracovných dňoch na linku 87. Od 1. septembra 2021 boli vo voľných dňoch tri vozidlá vypravované aj na linku 88 medzi Mostom SNP, Petržalkou a Autobusovou stanicou.
Po opätovnom nasadení kĺbových autobusov na linku 37 od 17. januára 2022 boli elektrobusy nasadzované v pracovných dňoch na linky 20, 29, 43, 53, 65 a 80 (s výnimkou linky 43 iba na niektorých poradiach daných liniek). Na linke 29 elektrobusy premávali do konca júna 2022. Od júla 2022 boli nasadené aj na vybraných poradiach liniek 67 a 78 (vzájomné prejazdy). Od novembra 2022 boli elektrobusy na linku 80 nasadzované už len vo voľných dňoch, v pracovných dňoch sa zvýšila ich výprava na linky 67 a 78. Po zmenách liniek od 5. augusta 2023 sa elektrobusy nasadzovali aj na niektoré poradia linky 75.
Pred spustením modernizácie vozovne Krasňany, ktorá začala 6. novembra 2023, boli elektrobusy presunuté do vozovne Trnávka. Do sprevádzkovania náhradných nabíjacích miest bol v prevádzke iba jeden z týchto elektrobusov, ktorý premával na linke 43. Zvyšných 15 vozidiel bolo dočasne odstavených. V prvej polovici novembra 2023 boli zriadené nabíjacie miesta pre časť elektrobusov v trolejbusovej vozovni Hroboňova. Elektrobusy sa do premávky začali vracať od 15. novembra 2023, ale pre obmedzené možnosti nabíjania premávali iba 4 vozidlá na linkách 20, 43 a 88. Od decembra 2023 sa výprava v pracovných dňoch zvýšila na 8 elektrobusov (linky 20, 43, 67, 75, 78, 88) a od februára 2024 stúpla na 9 vozidiel, kedy sa jeden elektrobus (#3013) vypravoval aj z vozovne Trnávka na jednu z liniek 53, 65 alebo 67/78. Vozidlá #3002 až 3005 od novembra 2023 nejazdili, v nasledujúcom roku sa k nim pridalo aj vozidlo #3001. V lete 2024 sa elektrobusy z vozovne Hroboňova sporadicky objavili aj na trolejbusových linkách v prípade nedostatku prevádzkyschopných trolejbusov Škoda 30 TrDG a SOR TNS 12.
Po čiastočnom obnovení prevádzky zmodernizovanej vozovne Krasňany boli od 27. júla 2025 elektrobusy opäť vypravované z tejto vozovne. Spočiatku zostala v pracovných dňoch naďalej výprava 8 elektrobusov na linky 20, 43, 53, 67, 75, 78 a 88, od septembra 2025 sa vypravovalo na uvedené linky 10 elektrobusov. Ak nebol dostatok pojazdných elektrobusov, namiesto nich boli vypravené aj autobusy SOR NB 12.
Skúsenosti z prevádzky ukázali, že denný dojazd vozidiel na jedno nabitie sa pohybuje okolo 160 - 170 km. S využitím priebežného nabíjania boli vozidlá schopné odjazdiť okolo 250 km.
